Prototype 共有 56 项技能，分布在九条技能线中。每项技能从 0 到 100。你的技能池有上限，所以你得决定自己要成为什么样的人。
技能如何解锁
技能以父技能到子技能的链条排列。某项技能达到 30 级即可解锁它的子技能。该子技能会停留在 29 级，直到父技能达到 60 级。游戏中的说明是：“30 opens the next skill; 60 lets that skill pass 29.”
每项技能在 0、30、60、90 和 100 级都有里程碑。许多战斗技能在 100 级时会解锁一个 Trickmove。
九条技能线
| 技能线 | 技能（父 → 子） |
|---|---|
| Pioneer | Pioneer → Raising → Stonecutting → Planning |
| Tunnelling | Tunnelling（Pioneer 30）→ Delving → Ore dressing & Surveying → Jewelcraft |
| Woodcraft | Woodcraft → Joinery → Bowyery → Machines |
| Kilncraft | Kilncraft → Smelting → Bladesmithing → Harness |
| Homestead | Homestead → Fieldcraft → Cookery → Brewing & Needlework |
| Foraging | Foraging → Herbcraft → Physic → Distilling |
| Huntcraft | Huntcraft → Tanning → Stock lore → Herding |
| Levy（战斗） | 五个分支共 19 项技能，外加四项独立技能，详见下文 |
| Movement（小技能） | Movement、Swimming、Leadership、Devotion、Mentoring、Arts |
Levy：战斗技能线
- 长矛：Levy → Pikeman → Halberdier
- 剑与盾：Shieldwall → Blade → Hearthguard
- 重武器：Bruiser → Breaker → Fury
- 远程：Skirmisher → Bowman → Marksman
- 骑兵：Riding → Mounted arms → Lance
- 独立技能：Toughness、Field repair、Drill、Sapping
达到 100 级时，Bowman 获得烟火箭，Marksman 获得烟火弩矢，Skirmisher 获得烟火罐。Lance 让你能够骑乘皇家战马。至于 Sapping？用它“可以把奶牛发射出去（纯属娱乐）”。
获取经验
XP = 0.15 × 动作权重/100 × exp_rate × 饱腹度 （饱腹度 0.5–1.0）因此吃饱时获得的经验最多可达空腹时的两倍。部分动作权重如下：
| 动作 | 权重 | 动作 | 权重 |
|---|---|---|---|
| 捡树枝 | 100 | 砍倒树木 | 600 |
| 填土 | 20 | 挖树桩 | 960 |
| 平整地面 | 200 | 建造 | 400 |
| 锯木板 | 250 | 制作 | 500 |
| 锻造 | 320 | 驯服 | 300 |
| 烹饪 | 300 | 寻找足迹 | 160（危险动物 400） |
| 挖掘隧道 | 280 | 授课 | 2400 |
高难度配方给的经验更多：技能要求 30 时 ×1.5，60 时 ×2.5，90 时 ×4。在浴场泡澡可在 30 分钟内获得 +10% 经验。
每级所需经验
- 30 级以下：
12 + 0.4 × L - 30–59 级：
35 + 1.25 × (L − 30) - 60 级及以上：
85 + 2.75 × (L − 60)
死亡会损失经验
普通死亡会损失 3% 的经验。在 PvP 中死亡则为 2% 乘以你的阵营系数：善良 ×1，邪恶 ×1.5，恶人 ×6。
Beta 测试版会将所有技能限制在 29 级。